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課程名稱 |
育種試驗資料分析
Data Analysis for Plant Breeding Experiments |
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開課學期 |
105-1 |
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授課對象 |
生物資源暨農學院 作物科學組 |
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授課教師 |
胡凱康 |
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課號 |
Agron5013 |
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課程識別碼 |
621 U5580 |
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班次 |
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學分 |
3 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
選修 |
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上課時間 |
星期三6,7,8(13:20~16:20) |
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上課地點 |
農藝304 |
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備註 |
與彭雲明、劉力瑜、蔡政安、董致韡合開
總人數上限：20人 |
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Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1051Agron5013_DAPBE |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
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課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
本課程講授與育種試驗相關的資料分析方法，包含主成分分析、集群分析、多重環境下的品系比較試驗 (Multiple Environment Trial)，以及最新發展的遺傳分析與分子育種試驗規劃，包括全基因體關聯分析 (Genome-wide association study, GWAS)與分子標誌輔助回交。除基礎的分析方法之外，其餘課題隨分析方法的演進而彈性調整。
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課程目標 |
延伸基礎分析能力至多維度的變數空間，以及伴隨著分子標誌技術發展而獲得的鉅量資料。 |
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課程要求 |
遺傳學、作物育種學、統計學、試驗設計學、農藝學統計法、生物資訊學導論、育種學研究法，以及相當程度的 R 程式編寫能力與資料分析經驗。 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
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參考書目 |
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評量方式
(僅供參考) |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
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第1週 |
9/14 |
課程介紹、多變量分析 |
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第2週 |
9/21 |
多變量分析 |
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第3週 |
9/28 |
多變量分析 |
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第4週 |
10/05 |
多變量分析 |
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第5週 |
10/12 |
MET - adaptability |
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第6週 |
10/19 |
MET - sensitivity |
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第7週 |
10/26 |
MET-GGE |
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第8週 |
11/02 |
MET-AMMI |
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第9週 |
11/09 |
期中考 |
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第10週 |
11/16 |
GWAS 原理, 背景介紹 |
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第11週 |
11/23 |
105/11/23中華民國農學團體聯合年會暨「農學與提升農業競爭力」研討會
時間：105年11月23日（星期三）9:20~17:00。
地點：國立臺灣大學第二學生活動中心地下一樓國際會議廳。
http://61.216.74.151/Union/File/9.pdf |
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第12週 |
11/30 |
GWAS 資源及操作 |
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第13週 |
12/07 |
Guest lecture: Dr. Hiroyoshi Iwata
Genomic Selection (GS) |
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第14週 |
12/14 |
GWAS 實作及結果解釋 |
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第15週 |
12/21 |
Discovering and Genotyping SNPs with Genome Complexity Reduction and NGS using ddRAD and GATK. |
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第16週 |
12/28 |
R/bioconductor套件 qrqc, Shortread, 與GenomicAlignments |
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第17週 |
1/04 |
R/bioconductor套件VariantAnnotation |
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